Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03 merupakan lembaga pendidikan yang berada dibawah naungan yayasan attaqwa 14 Cabang Babelan Kota, Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03 Babelan didirikan pada tahun 1985 yang di prakarsai oleh Yayasan Attaqwa 14 dengan beberapa orang pendirinya antara lain : Bapak (Alm) H. Moh. Sidiq, Bapak Moh. Yusuf Alwi, Bapak Moh. Ikhwan HM, Bapak (Alm) Moh. Sanen dan Bapak H. Nasrowi.
Pada awal berdirinya Madrasah ini, kegiatan belajar mengajar bertempat di Madrasah Ibtidaiyah Attaqwa 15 Babelan yang pelaksanaan kegiatan belajar mengajarnya dilaksanakan pada siang hari dengan jumlah siswa pertama sebanyak 36 orang. Sejalan dengan perkembangan dan kauntitas siswa yang mendaftar ke Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03, maka Yayasan Attaqwa 14 Cabang Babelan memikirkan pendirian gedung sendiri untuk Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03 Babelan
Pada tahun 1987 barulah Madrasah Tsanawiyah Attaqwa Babelan menepati gedung yang baru sebanyak enam lokal yang didirikan diatas tanah wakaf seluas 4.000 m2 . sedangkan dana pembangunan Madrasah ini didapat melalui dana swadaya yayasan, bantuan pemerintah, para donatur serta simpatisan dan masyarakat setempat.
Kondisi masyarakat yang ada disekitar Madrasah, pada umumnya memiliki animo yang tinggi untuk menyekolahkan anaknya, hal ini terbukti dengan begitu memperhatikan upaya-upaya pembangunan Madrasah, serta sikap rasa memiliki terhadap Madrasah ini begitu besar. Sehinga masyarakat yang mendaftarkan putra-putrinya ke Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03. Padahal disekitar Madrasah ada beberapa Madrasah lain yang sudah ada terlebih dahulu, diantaranya SMPN 1 Babelan dan beberapa SMP swasta lainnya.
Sejak awal berdirinya Madrasah ini kepala Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03 Babelan sudah berganti sebanyak tiga kali. Kepala Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03 Babelan yang pertama adalah Bapak Moh. Ikhwan HM dari tahun 1985-1998 yang kedua Bapak H. M. Yusuf Alwy, S.Pd,I dari tahun 1998-2013, sedangkan yang ketiga Bapak H. Irfan, M.Pd dari tahun 2013-sekarang.
Bapak Moh. Ikhwan HM sebagai Kepala Madrasah yang pertama beliau berupaya terus untuk mengembangkan Madrasah ini, yaitu dengan melengkapi sarana dan prasarana penunjang. Pada waktu itu yang diprioritaskan adalah menyempurnakan gedung Madrasah dengan memasang ubin dan internit ruang kelas. Pembuatan meja dan kursi untuk belajar sisa juga ditambahkan demi kelancaran belajar siswa. Ruang perpustakaan pintu gerbang, sarana olahraga dan alat-alat penunjangnya, pembuatan toilet / kamar mandi dan taman Madrasah juga direalisasikan untuk siswa dan dewan guru agar suasana belajar semakin nyaman dan aman. Demikian pula dengan Bapak H. M. Yusuf Alwy, S.Pd,I yang juga terus mendorong MTs untuk menjadi sekolah yang lebih baik lagi dalam segala aspek.
Keadaan Madrasah ini terus berkembang baik terlebih di bawah kepemimpinan H. Irfan, S.Ag, M.Pd. MTs Attaqwa 03 Babelan kini merupakan salah satu sekolah pertama yang berbasis ICT di wilayah Kecamatan Babelan Kabupaten Bekasi. Pembangunan terus dilakukan, sehingga kini memiliki 3 lantai dengan 16 rombel dengan 4 ruang kelas ICT dan sarana prasarana yang sangat mendukung pembelajaran, mulai dari Laboratorium IPA, Laboratorium Komputer, Perpustakaan, Ruang UKS, AULA serba guna, tempat wudhu, Kamar Kecil, area terbuka dan yang terbaru adalah AttriMart dan Foodcourt. Selain itu Proses pengembangan sarana Madrasah tidak ditekankan pada sarana fisik Madrasah saja, tapi juga dari segi yang lain, segi pengembangan tenaga edukatif, pengembangan potensi siswa, pengembangan ketatausahaan serta pengembangan karyawan dengan melalui sebuah aplikasi yaitu SISFOMA.