Madrasah Tsanawiyah Attaqwa 03 Babelan berdiri pada tahun 1985 di bawah naungan Yayasan Attaqwa 14 Cabang Babelan Kota. Pendirian madrasah ini diprakarsai oleh tokoh-tokoh, yaitu Bapak (Alm) H. Moh. Sidiq, Bapak Moh. Yusuf Alwi, Bapak Moh. Ikhwan HM, Bapak (Alm) Moh. Sanen, dan Bapak H. Nasrowi, yang memiliki visi untuk menyediakan pendidikan Islam yang berkualitas di wilayah Babelan.
Pada awalnya, kegiatan belajar mengajar dilaksanakan di Madrasah Ibtidaiyah Attaqwa 15 Babelan pada siang hari dengan jumlah siswa pertama sebanyak 36 orang. Seiring dengan meningkatnya jumlah siswa dan kebutuhan akan fasilitas yang lebih memadai, Yayasan Attaqwa 14 memutuskan untuk mendirikan gedung sendiri bagi MTs Attaqwa 03. Pada tahun 1987, madrasah ini akhirnya menempati gedung baru dengan enam ruang kelas yang didirikan di atas tanah wakaf seluas 4.000 m². Pembangunan ini didanai melalui swadaya yayasan, bantuan pemerintah, serta dukungan dari para donatur dan masyarakat setempat.
Semangat dan dukungan masyarakat sekitar terhadap pendidikan di MTs Attaqwa 03 sangat tinggi. Mereka tidak hanya aktif dalam pembangunan fisik madrasah tetapi juga menunjukkan rasa memiliki yang besar dengan mendaftarkan putra-putri mereka di madrasah ini, meskipun sudah ada beberapa sekolah lain di sekitar Babelan, seperti SMPN 1 Babelan dan beberapa SMP swasta lainnya.
Sejak berdirinya, MTs Attaqwa 03 telah dipimpin oleh tiga kepala madrasah. Kepala madrasah pertama adalah Bapak Moh. Ikhwan HM, yang menjabat dari tahun 1985 hingga 1998. Beliau berperan besar dalam pengembangan madrasah, dengan menambah sarana dan prasarana penunjang, seperti pemasangan ubin dan eternit di ruang kelas, pembuatan meja dan kursi, serta pembangunan perpustakaan, sarana olahraga, toilet, dan taman.
Kepemimpinan kemudian dilanjutkan oleh Bapak H. M. Yusuf Alwy, S.Pd.I, yang menjabat dari tahun 1998 hingga 2013. Di bawah kepemimpinannya, MTs Attaqwa 03 terus berkembang dalam berbagai aspek, baik fisik maupun non-fisik.
Saat ini, MTs Attaqwa 03 dipimpin oleh Bapak H. Irfan, S.Ag, M.Pd, yang membawa madrasah ini menjadi salah satu sekolah berbasis ICT (Information and Communication Technology) pertama di Kecamatan Babelan, Kabupaten Bekasi. Pembangunan terus dilakukan, sehingga kini madrasah memiliki tiga lantai dengan 16 rombongan belajar, termasuk 4 ruang kelas ICT, laboratorium IPA, laboratorium komputer, perpustakaan, ruang UKS, aula serbaguna, serta fasilitas terbaru seperti AttriMart dan foodcourt.
Tidak hanya fokus pada pengembangan fisik, madrasah ini juga terus meningkatkan kualitas tenaga pendidik, potensi siswa, dan sistem tata kelola melalui aplikasi SISFOMA, menjadikan MTs Attaqwa 03 sebagai lembaga pendidikan yang siap menghadapi tantangan zaman.